Песляк Михаил Юрьевич (ORCID), Короткий Николай Гаврилович (ORCID).
Метагеномы крови и псориатической кожи. Проект исследования. r2.2, 2019. – 73 с.
ISBN 978-5-905504-05-1
Дата публикации в Интернет (Electronic Publication Date): 2019, May 9.
DOI: 10.5281/zenodo.2677815
Дополнения к этой книге:
A. Презентация и иллюстрации. r2.2, DOI: 10.5281/zenodo.2677818
B. Дополнения S1-S8. r2.2, DOI: 10.5281/zenodo.2677822
С. Параметры и Примеры. r2.1, DOI: 10.5281/zenodo.2571445
Выполнено обоснование и подробное описание первого этапа проекта, посвященного изучению, диагностике и лечению псориаза. Целью первого этапа является проверка базовых гипотез новой системной YN-модели патогенеза псориаза. Проверка представляет собой комплексное изучение метагенома цельной крови и метагенома (фагоцитов) псориатической кожи. Метагеном это вся нехозяйская DNA (здесь – не принадлежащая человеку), содержащаяся в биоматериале. Предложены и обоснованы алгоритмы, необходимые для комплексного изучения метагеномов.
Проведена обзорно-аналитическая оценка результатов основных работ по изучению метагеномов крови и кожи. Выполнен аналитический обзор всех (опубликованных до начала 2019 года) работ по определению концентрации бактериальной DNA в цельной крови здоровых людей.
Выполнено детальное сравнение характеристик 16S-теста и WMS-теста.
Сформулированы цели и задачи (включая порядок их решения) первого этапа. Поставлены основные вопросы, на которые по итогам первого этапа должны быть получены ответы. Предложен порядок подготовки и выполнения WMS-теста цельной крови.
Проведено детальное сравнение YN-модели патогенеза с ранее опубликованной Y-моделью. Выполнен аналитический обзор работ, посвященных изучению привлечения нейтрофилов крови в псориатическую кожу и последующего их возможного нетоза. Нетоз в псориатической коже нейтрофилов, являющихся носителями эндоцитированного в крови Y-антигена, назван необходимым звеном порочного цикла псориатического воспаления в рамках YN-модели. Предложена классификация псориатической болезни как нетопатии.
Дано определение псорагенных бактерий, основанное на наличии генов, ответственных за формирование межпептидных мостиков. Определены наименьшие пептиды (фрагменты пептидогликана) – потенциальные Y-антигены.
Иллюстрации выполнены в виде презентации и находятся в дополнительном файле.